Yönetim kademesi dört katmanda yapılandırılmıştır: en üst yönetici ve son karar mercii olarak kurum müdürü; pedagojik ve akademik işleyişten tam yetkili olan eğitim koordinatörleri; kendi alanlarındaki eğitim ve öğretim süreçlerini yürüten ve denetleyen bölüm koordinatörleri ve öğretmenler. Bu yapılanma içinde destek hizmetleri çalışanları (halkla ilişkiler sorumluları ile müstahdemler müdüre bağlı olarak çalışır. Okulumuzda etkinlik koordinatörlüğü de eğitim koordinatörlerinden biri tarafından üstlenilmiş durumdadır.

Eğitim Koordinatörlüğünde Felsefe, Türk Dili ve Edebiyatı ve Fransız Dili ve Edebiyatı gibi farklı disiplinlerden gelen isimlerin bulunması, pedagojik kararların tek bir branşın bakış açısına sıkışmasını engelleyen bir çeşitlilik sunar.

Kurucuların müdür, öğretmen ve koordinatör olarak görev üstlenmeleri Varlık'ın varoluş öyküsüyle doğrudan bağlantılı bir tercihtir: 2010 Kasım'ındaki o ilk sohbette "kendi olanaksızlıklarına rağmen bir eğitim kurumu var etme" kararlılığını gösteren bu kişiler, kurum büyüdükten sonra da okulun gündelik yaşamından kopmamış, aksine pedagojik sürecin içinde kalmayı sürdürmüşlerdir. Kurucuların bizzat kadroda yer alması Varlık'ın "eğitmenler tarafından var edilen" bir kurum olma kimliğini sürdürdüğünü gösterir.

Kadro sayfası incelendiğinde Hacettepe ve Ankara Üniversiteleri ağırlıkta olmakla birlikte; ODTÜ, Mimar Sinan Güzel Sanatlar, Ege gibi farklı kurumlardan mezun öğretmenlerin de varlığı dikkat çeker. Varlık Lisesinin öğretmen alım sürecinde mezun olunan üniversite belirleyici etkenlerden biri olmakla birlikte adayın alan yetkinliği ve eğitime ilişkin entelektüel ilgi ve endişeyi taşıyıp taşımadığına dikkatlice bakılır. Bilhassa yeni mezun öğretmen adaylarında mezun olunan üniversite en belirleyici akademik referans olarak dikkate alınmaktadır.