Eğitim kökenli iki kişinin yönetimini üstlendiği Varlık Lisesinin kadrosu, nitelikli olmanın yanı sıra kendi alanlarında entelektüel bir ilgi, motivasyon ve donanıma sahip öğretmenler ile eğitim yaşamına titiz ve profesyonel bir şekilde eşlik eden personel biriminden oluşur. Varlık Lisesi öğretmenlerinin yaklaşık yüzde 25’ini Varlık Akademi Projesinin (VAP) kurucuları teşkil etmektedir. Varlık Lisesi’nde öğretim kadrosuna ilişkin tüm organizasyondan koordinatörlük birimi, personel kadrosuna ilişkin tüm organizasyondan halkla ilişkiler birimi yöneticisi sorumludur. Bir ekip halinde çalışmanın esas olduğu Varlık Lisesi’nde tüm öğretmenler VAP esasları doğrultusunda felsefe kökenli bir eğitim anlayışına göre hareket eder. Varlık Lisesi’nde yeni öğretmen alımlarının tamamında mezun olunan üniversite birinci öncelik olarak değerlendirilir.